[스타트업을 위한 회계·세무] 스타트업 창업 시 놓쳐서는 안 될 혜택 ‘창업 세액감면’

새로운 아이디어를 실현하기 위해 정신없이 달리는 스타트업 종사자들은 세무와 회계에 대해 적지 않은 부담을 느낍니다. 대부분 처음 접하는 생소한 영역이기 때문입니다. 그렇다고 외면할 수도 없습니다. 기업의 지속적인 성장과 성공을 위해 반드시 신경 써야 합니다. 이에 IT동아는 최대한 회계법인 파인우드 이사(공인회계사)와 함께 스타트업 종사자가 알아야 할 세무·회계 정보를 소개합니다. 이를 통해 세무와 회계로 고민하는 스타트업 종사자들이 실질적인 도움과 명쾌한 해답을 얻기를 바랍니다.

[IT동아] 새로운 아이디어로 창업을 준비하는 창업가에게 세금은 여전히 낯설고 어렵다. 하지만 창업 초기야말로 세금에 대해 잘 알아두어야 하는 시기다. 세제 혜택을 가장 크게 받을 수 있기 때문이다. 대표적인 제도가 ‘조세특례제한법 제6조’에 따른 ‘창업중소기업 등에 대한 세액감면’이다.

창업중소기업 세액감면이란?

창업중소기업 세액감면은 말 그대로 창업 기업(또는 개인사업자)의 세금을 일정 기간 감면해 주는 제도다. 정부는 청년층의 창업과 비수도권 지역의 산업 활성화를 유도하기 위해 일정 요건을 충족하는 경우 5년간 법인세 또는 소득세를 최대 100% 감면한다. 법에서는 창업 기업을 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업으로 정의하며, 청년 창업자(만 34세 이하, 병역이행자는 복무기간 가산)에 대해서는 감면율을 더욱 높게 적용하도록 규정하고 있다. 즉 같은 업종이라도 대표자의 청년 여부, 창업지 등에 따라 세액감면 폭이 달라진다.

법에서 정한 세액감면 요건으로는 청년, 지역, 최초 창업 여부, 감면 대상 업종 여부 등이다. 이를 간단하게 정리하면 다음과 같다.

감면 대상 업종은 제조업, 통신판매업, 금융 및 보험업 중 일부, 전문 과학 및 기술 서비스업, 사업 시설 관리, 사업 지원 및 임대 서비스업, 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 등 대부분의 스타트업이 해당될 만큼 광범위하다. 단 도소매업의 경우 세액감면 대상 업종에 해당되지 않는다. 또한 예시로 든 업종 중에도 세부 업종에 따라 세액감면 혜택이 적용되지 않을 수도 있다.

공동대표로 창업한 경우 세액감면은?

일반 창업중소기업 세액감면은 대표자 나이와 상관없이 적용되나, 감면율이 높은 청년 창업중소기업 세액감면은 대표자 나이가 중요한 요소로 작용한다. 특히 스타트업의 경우 팀원과 지분을 나누고 공동대표로 시작하는 경우가 많기 때문에 세액감면 여부를 꼼꼼하게 파악해야 한다.

개인사업자인 경우 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 청년이어야 하며, 손익분배비율이 가장 큰 사업자가 둘 이상인 경우 모두 청년이어야 청년 세액감면 혜택을 받을 수 있다. 예를 들어 두 명이 창업해 손익분배비율이 1:1이라면, 두 명 모두 청년에 해당해야 하며, 3명이 창업해 손익분배비율이 1:1:1인 경우 3명 모두 청년이어야 한다.

법인사업자인 경우 대표자가 청년이면서 동시에 최대 주주여야 하며, 지분율이 가장 큰 자가 둘 이상인 경우 모두 청년이어야 한다. 예를 들어 청년과 청년이 아닌 자가 각각 50% 지분을 보유하고 공동대표라면, 세액감면 혜택이 적용되지 않는다. 반면 청년인 자가 단독 대표인 경우 세액감면 혜택을 받을 수 있다(사전-2019-법령해석법인-0131, 2019.04.25). 이를 간략하게 정리하면 아래와 같다.

창업의 범위는 어디까지?

창업중소기업 세액감면 혜택은 최초 창업에 해당해야 받을 수 있다. 예를 들어 개인사업자로 앱을 만들고 운영하면서 창업중소기업 세액감면 혜택을 받던 자가 법인사업자로 전환하는 경우, 법인사업자는 더 이상 세액감면 혜택을 받을 수 없다. 또한 세액감면 대상인 사업을 제3자로부터 양수하는 경우, 기존에 운영하다 폐업 후 해당 업종으로 다시 창업하는 경우도 최초 창업으로 보지 않는다.

단 개인사업자가 기존 사업장과 다른 곳에 새로운 법인을 설립해 동일 업종을 영위하되 해당 법인이 새로운 인적·물적 시설을 갖춰 별도 운영되는 경우 창업으로 인정될 수 있다는 해석이 있다(사전-2025-법규법인-0145, 2025.03.21).

즉 해당 사업을 최초로 개시했는지가 최초 창업 해석에 주요 포인트이며, 법인사업자와 개인은 법에 따라 별도 인격으로 구분되기 때문에 대표자가 동일해도 해당 사업을 구성하는 인적·물적 시설이 독립 운영되는 경우 법인 사업과 개인 사업은 둘 다 최초 창업에 해당하는 것으로 해석한다.

사업장을 수도권과밀억제권역 내외로 이전하는 경우 세액감면율은?

스타트업의 경우 정부지원사업 혜택을 받기 위해 전략적으로 지방에 사업장을 두고 사업을 시작하는 경우가 종종 있다. 성공적으로 정부 지원을 받은 후 사업 규모가 점점 커지면서 투자 유치를 준비하거나, 인적·물적 시설 확충, 다른 기업과의 전략적 제휴를 위해 수도권으로 사업장을 이동하는 경우가 있다. 이런 경우 기존에 받던 창업중소기업 세액감면율은 어떻게 변할까?

이런 경우에는 최초 창업 지역에 따라 사업장 이전에 따른 감면율 한도가 정해지고, 수도권과밀억제권역으로 이전하면 감면율이 감소한다. 예를 들어 수도권과밀억제권역 외에서 최초 창업한 경우 청년 여부에 따라 각각 100% 또는 50%의 감면을 적용받고, 수도권과밀억제권역 내로 이전하는 경우 각각 50% 감면 또는 감면을 적용받지 못한다. 만약 다시 수도권과밀억제권역 외로 이전하는 경우 각각 100% 감면 또는 50% 감면을 적용받는다.

반대로 수도권과밀억제권역 내에서 최초 창업한 경우 청년 여부에 따라 각각 50% 감면 또는 감면을 적용받지 못하며, 이 경우 수도권과밀억제권역 외로 이전하더라도 감면율 변화는 없다. 이를 상황별로 간략하게 정리하면 아래와 같다.

이는 창업중소기업 세액감면 제도는 청년층 창업 장려와 비수도권 산업 활성화 유도를 위한 제도이기 때문이다. 수도권과밀억제권역 외에서 창업을 장려하고, 수도권과밀억제권역 내에서 빠르게 성장한 기업이 본사 소재지를 수도권과밀억제권역 외로 이전해 세제 혜택을 받으려는 것을 방지하기 위한 것으로 해석된다.

회계사의 한 줄 조언: 스타트업을 시작한다면 창업중소기업 세액감면 혜택을 꼭 받고, 공동대표, 사업장 이전, 동일 업종에 대해서도 세액감면 혜택을 받을 수 있도록 전략적으로 설계하자.

글 / 최대한 회계법인 파인우드 이사

삼일회계법인 조세본부, 안진회계법인 가치평가팀 등에서 회계 및 세무, 가치평가, M&A 관련 업무를 담당했으며, 지금은 회계법인 파인우드에서 법인, 개인사업자, 프랜차이즈, 스타트업 등 다양한 기업에 회계 및 세무 자문을 제공한다. 또한 실무진 대상 강의와 스타트업 멘토링도 진행 중이다.

정리 / IT동아 한만혁 기자 (mh@itdonga.com)