[스타트업을 위한 회계·세무] 스톡옵션 행사하면 세금은 얼마나 낼까?

새로운 아이디어를 실현하기 위해 정신없이 달리는 스타트업 종사자들은 세무와 회계에 대해 적지 않은 부담을 느낍니다. 대부분 처음 접하는 생소한 영역이기 때문입니다. 그렇다고 외면할 수도 없습니다. 기업의 지속적인 성장과 성공을 위해 반드시 신경 써야 합니다. 이에 IT동아는 최대한 회계법인 파인우드 이사(공인회계사)와 함께 스타트업 종사자가 알아야 할 세무·회계 정보를 소개합니다. 이를 통해 세무와 회계로 고민하는 스타트업 종사자들이 실질적인 도움과 명쾌한 해답을 얻기를 바랍니다.

[IT동아] 스타트업에서 일하는 직장인들이 기대하는 보상 중 하나가 스톡옵션이다. 스타트업계에서는 스톡옵션을 통해 ‘회사가 커지면 대박 날 수 있다’라는 이야기를 어렵지 않게 들을 수 있다. 하지만 스톡옵션 뒤에는 언제, 어떻게 행사하느냐에 따라 달라지는 세금이 숨어 있다. 스톡옵션은 ‘권리’인 동시에 ‘과세 대상’이다. 정확한 세금 구조를 이해하지 못한 채 행사하게 되면, 예상치 못한 세금을 내는 바람에 기대했던 수익을 실현하지 못하고 실망할 수 있다.

스톡옵션 행사 시 세금은 어떻게 부과될까?

스톡옵션은 ‘주식을 일정한 가격에 매수할 수 있는 권리’로, 이 권리를 실제 실행하는 시점(=행사 시점)에 과세가 발생한다. 여기서 알아두어야 할 점은 행사 시점의 ‘재직 상태’에 따라 소득의 종류가 나뉜다는 것이다.

재직 중 행사한 경우 스톡옵션 행사 이익은 근로소득으로 분류된다. 일반 급여와 마찬가지로 소득세를 제외한 금액을 받게 되며, 근로소득만 있는 경우 2월에 연말정산으로, 다른 소득(사업소득, 기타소득 등)도 있는 경우 5월에 종합소득세 신고로 정산된다.

퇴사 후 행사한 경우에는 근로소득이 아닌 기타소득으로 분류된다. 이 경우 이익이 300만 원 이하일 경우 22%의 세율이 적용되고, 300만 원을 초과하면 다른 소득과 합산해 종합소득세율이 적용된다.

스톡옵션에는 특별한 세금 혜택이 있다

조세특례제한법(이하 조특법)에 따르면 ‘벤처기업 요건을 충족한 스타트업(이하 스타트업)’의 임직원이 행사하는 스톡옵션에는 3가지 특례 규정이 있다. 이는 선택 적용이 가능하며, 요건을 충족하면 세금 부담을 획기적으로 줄일 수 있다.

우선 조특법 제16조의2에 따라 스타트업 임직원이 스톡옵션을 행사해 얻은 이익 중 연 2억 원까지 비과세로 처리한다. 단 동일 기업으로부터 받을 수 있는 누적 비과세 한도는 최대 5억 원이다.

예를 들어 스타트업 직원이 2023년부터 2025년까지 매년 행사 이익이 2억 원 발생하도록 스톡옵션을 행사해 3년간 총 6억 원의 이익을 실현했다면 2023년, 2024년에는 전액 비과세, 2025년에는 1억 원에 대해서만 과세된다.

또한 조특법 제16조의3에 따라 소득세는 5년간 분할 납부할 수 있다. 스톡옵션 행사로 인해 발생하는 세금을 한 번에 납부하는 것은 큰 부담이 될 수 있다. 현금결제형 스톡옵션의 경우 스톡옵션을 행사하면 행사로 인한 이익을 주식이 아닌 현금으로 받기 때문에 받는 돈으로 세금을 납부하면 되지만, 주식결제형 스톡옵션의 경우 주식을 받기 위해 납부할 행사 금액을 마련해야 하고 추가로 받은 주식과 행사 금액의 차이인 행사 이익에 대해 발생하는 세금도 마련해야 하기 때문이다.

이때 스타트업 임직원은 스톡옵션을 행사한 해에 세금을 전액 납부하지 않고 5년간 나눠서 낼 수 있다. 세금 분할 납부 시 별도의 이자나 가산세 등의 페널티가 발생하지 않는다.

예를 들어 스타트업 직원이 2025년에 주식결제형 스톡옵션을 행사해 1억 원의 이익을 얻고 4000만 원의 소득세가 발생했다면 해당 특례를 적용할 경우 2026년 5월부터 2030년 5월까지 종합소득세 신고로 매년 800만 원씩 나눠 낼 수 있다.

마지막 특례는 조특법 제16조의4에 따라 과세 시점을 양도 시점으로 미룰 수 있다(과세 이연). 스톡옵션 행사 시 이익에 대한 세금을 해당 주식을 실제로 매도해 현금화하는 시점(양도 시점)에 내는 것이다.

실제 주식을 양도하는 시점에는 양도소득세가 발생하며, 경우에 따라 기타소득이나 근로소득으로 과세되는 것보다 세율 측면에서 유리한 때도 있다. 근로소득 세율은 소득에 따라 6~45%인 반면 주식의 양도소득세율은 10~30%로 최대치가 근로소득세율보다 낮기 때문이다. 따라서 근로소득이 높은 임직원의 경우 주식 양도 시점에 세금을 내는 것이 유리할 수 있다.

단 이 제도를 이용하려면 조특법 시행령 제14조의 4 제5항의 요건을 갖춘 스톡옵션이어야 하며, 행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사 금액 합계액이 5억 원 이하여야 한다. 하지만 행사 당시 세금을 낼 필요가 없기 때문에 현금 유동성이 부족한 상황에서는 매우 실용적이다.

예를 들어 스타트업 직원이 2020년 3월 주주총회 결의를 거쳐 요건을 갖춘 적격 스톡옵션을 받은 후 2023년 5월에 1억 원, 2024년 6월에 2억 원, 2025년 7월 2억 원을 각각 행사해 스톡옵션 전용계좌로 주식을 입고 받았다고 가정하자.

이 직원이 2025년 7월에 행사한 스톡옵션 행사 이익에 대한 세금에 과세이연 특례를 적용받고자 한다면, 행사일(2025년 7월)부터 역산해 2년이 되는 날(2023년 7월)이 속하는 과세기간(2023년 1월 1일부터 12월 31일까지)부터 해당 행사일이 속하는 과세기간(2025년 1월 1일부터 12월 31일까지)까지의 전체 행사 금액 합계액이 5억 원(2023년 5월 1억 원, 2024년 6월 2억 원, 2025년 7월 2억 원)이기 때문에 해당 직원은 2025년 7월에 행사한 스톡옵션 행사 이익에 대한 세금을 당장 내지 않고, 추후 해당 주식 양도 시 양도소득세로 납부할 수 있다.

특례 병행 적용도 가능

조특법 제16조의3, 제16조의4의 단서조항은 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다고 규정한다. 이는 비과세 적용 후 나머지 과세 대상 이익에 대한 세금을 분할 납부나 과세이연할 수 있음을 의미한다. 또한 국세청 사전법령해석(사전-2019-법령해석소득-0380)과 같이 스톡옵션 행사로 인한 행사 이익 중 일부는 과세이연 특례를 적용하고, 나머지 행사 이익 중 2억 원 비과세 적용 후 금액은 조특법 제16조의3에 따라 분할 납부할 수도 있다. 이를 통해 스톡옵션 행사로 발생하는 세금 부담을 크게 줄일 수 있다.

예를 들어 2025년 8월 처음 스톡옵션을 행사한 스타트업 임직원의 행사 이익이 3억 원(스톡옵션 행사로 받는 주식 가격은 4억 원, 행사 금액은 1억 원으로 가정)일 경우 조특법 제16조의2에 따라 행사 이익 2억 원은 비과세 적용되며, 나머지 행사 이익 1억 원에 대해 발생하는 세금은 ▲조특법 제16조의3에 따라 5년간 분할 납부하거나 ▲실제 주식을 양도하는 시점에 양도소득세로 납부하거나 ▲1억 원 중 일부는 추후 양도 시점에 양도소득세로 납부하고 일부는 5년간 분할 납부할 수 있다.

현금결제형 스톡옵션은 특례 적용 불가

앞서 언급한 특례 규정은 현금결제형 스톡옵션이 아닌 주식결제형 스톡옵션에만 적용된다. 조특법 제16조의2는 시행령 제14조의2 제3항에서 회사는 임직원이 ‘취득하여 주식이 입고된 계좌’를 관리하는 금융회사에 스톡옵션 행사 당시 해당 주식의 시가 정보를 제공하라고 명시하며, 조특법 제16조의3은 현금결제형 스톡옵션의 경우 적용 대상에서 제외할 것을 규정한다. 또한 조특법 제16조의4는 시행령 제14조의4 제3항에서 특례적용신청서를 제출받은 스타트업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하도록 한다. 이에 따라 현금결제형 스톡옵션은 특례 규정 적용 대상에서 제외된다.

회계사의 한 줄 조언: 시기·방식·형태를 함께 설계할 것

여러 해에 나눠 스톡옵션을 행사해 비과세 한도(2억 원)를 해마다 활용하고, 비과세 적용 후 남은 금액은 분할 납부나 과세이연으로 현금 유동성을 관리하자. 현금결제형 스톡옵션일 경우 특례 적용이 되지 않음을 유의하자.

글 / 최대한 회계법인 파인우드 이사

삼일회계법인 조세본부, 안진회계법인 가치평가팀 등에서 회계 및 세무, 가치평가, M&A 관련 업무를 담당했으며, 지금은 회계법인 파인우드에서 법인, 개인사업자, 프랜차이즈, 스타트업 등 다양한 기업에 회계 및 세무 자문을 제공한다. 또한 실무진 대상 강의와 스타트업 멘토링도 진행 중이다.

정리 / IT동아 한만혁 기자 (mh@itdonga.com)